كما إحتشد علماء الأزهر الشريف، في قلب الجامع الأزهر، وعقدوا مؤتمرا حاشدا، لإعلان موقفهم من الأحداث الجارية في البلاد، خاصة الموقف من شرعية أول رئيس منتخب، بعدما أقدم جنرالات الجيش بالإنقلاب عليه وعزله بالقوة.

وخلال اجتماع العلماء، قامت أجهزة الأمن بقطع التيار الكهربائي عن الجامع الأزهر، كي تمنعهم من مؤتمرهم، ما أدى إلى منع آذان الظهر للمرة الأولى في تاريخ الأزهر الشريف.. كما قامت قوات الأمن بإغلاق أبواب الجامع الأزهر لأول مرة منذ أكثر من مائتي عام، لحصار العلماء ومنعهم من الخروج في مسيرة لدعم المعتصمين في ميدان رابعة العدوية.

إلا أن هذه القوات اضطرت في نهاية الأمر إلى إعادة فتح أبواب الجامع الأزهر، والسماح للعلماء بالخروج، وقد توجهوا بالفعل في مسيرة حاشدة إلى رابعة العدوية حملوا خلالها الأكفان على أيديهم في إشارة للاستعداد لتشهادة، كما حملوا لافتة كبيرة تنعي شهداء الأزهر في مذبحة الحرس الجمهوري. وأعلن العلماء أنهم "ضد الانقلاب الدموي"، على شرعية الرئيس محمد مرسى.

ومن جهته، قال الدكتور صلاح سلطان، الأمين العام للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية، خلال مؤتمر صحفي لتدشين حملة "علماء الأزهر ضد الانقلاب الدموي": "إن المجلس يعتبر ما حدث بمصر انقلابًا عسكريًا يقود مكتسبات ثورة 25 يناير، مؤكدًا أنه من غير المقبول أن يتآمر 30 قائدًا عسكريًا للانقلاب على شرعية 30 مليون ناخب صوتوا لصالح الدكتور مرسي.

وأفتى الدكتور سلطان في بيان ألقاه نيابة عن المجلس الأعلى للشئون الإسلامية بحرمة الانقلاب شرعًا، مؤكدًا أنه لا يمكن مقارنته بالخروج على مبارك لأن مبارك جاء عن طريق التزوير أما مرسي فقد نجح في انتخابات حرة. كما انتقد البيان إغلاق القنوات الدينية، معتبرًا أنه صد عن "سبيل الله"، مهيبًا بشيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب أن يعود إلى الحق وأن يرجع عن تأييده للانقلاب العسكري.

ومن جهته، قال الشيخ جمال عبد الستار، المنسق العام لنقابة الدعاة، إن علماء الأزهر لن يرضوا عن محاولات تغيير الهوية الإسلامية لمصر، ولن يسلموا بنتائج الانقلاب العسكري الذي حدث. وقال الدكتور طلعت عفيفي، وزير الأوقاف المستقيل، إنهم أمام مسئولية سوف يسألون عليها أمام الله، مؤكدا أن الانقلاب أرجع مصر إلى مربع الصفر مرة أخرى، وأن ما حدث هو مصادرة لحرية الشعب وخروج على إرادته، مطالبًا بتشكيل لجنة من علماء الأزهر لوضع حلول للخروج من الأزمة. وقال الدكتور جمال عبد الهادي، الأستاذ بجامعة الأزهر: "نعيش في عهد لا توجد فيه احترام لا للشرعية ولا الديمقراطية".

لكن تلك الجهود فشلت حيث خرجت مسيرة حاشدة لعلماء وطلبة الأزهر الشريف , حيث خرجت المسيرة وتوجهت إلى ميدان رابعة العدوية حيث رحبت منصة رابعة بالمسيرة الراجلة لعلماء الإزهر بالتكبير .

كما ألقى أحد علماء الأزهر كلمة أمام عشرات الإلف من معتصمي رابعة العدوية ألهبت حماس الحضور .

وتأتي هذه المسيرة ردا على موقف شيخ الأزهر الذي كان أحد أعمدة التمرد العسكري ضد الرئيس مرسي وكان أحد الحضور مع البابا .

كما صدرت تصريحات من نائب شيخ الأزهر أدانت المؤامرة التي قادها شيخ الأزهر مع فلول العسكر في محاولة إضفاء التأييد الديني للإنقلاب الذي قاده السيسي ضد الرئيس مرسي .